วัดนี้ได้ชื่อว่าวัดพระแก้วดอนเต้า มีตำนานกล่าวว่า นางสุชาดา ได้พบแก้วมรกตในแตงโม (หมากเต้า) และนำมาถวายพระเถระรูปนั้นจึงจ้างช่างให้นำมรกตนั้นไปแกะสลักเป็นพระพุทธรูปซึ่งก็คือ พระแก้วดอนเต้า ซึ่งต่อมาได้รับการอัญเชิญไปประดิษฐานที่วัดพระธาตุลำปางหลวงสาเหตุจากตำนานบอกว่า มีผู้ไปฟ้องเจ้าเมืองลำปางในขณะนั้นว่า พระเถระและนางสุชาดาเป็นชู้กัน เจ้าเมืองลำปางจึงให้จับนางสุชาดาไปประหารชีวิต ส่วนพระเถระองค์นั้นทราบข่าวก็ได้อัญเชิญพระพุทธรูปหนีไป โดยได้นำไปฝากไว้ที่วัดพระธาตุลำปางหลวงจนถึงปัจจุบัน ส่วนสถานที่ตั้งบ้านของนางสุชาดาก็ได้มีผู้มีจิตศรัทธาในคุณงามความดีของนาง บริจาคเงินสร้างวัดขึ้นชื่อวัดสุชาดาราม แต่มีบางสันนิษฐานบอกว่าเนื่องจากวัดพระแก้วดอนเต้า และ วัดสุชาดาราม นั้นร้างลง แต่บางที่ก็มีการสันนิษฐานเพิ่มว่า น่าจะเป็นเพราะย่านนี้เป็นสวนหมากเต้า และเป็นที่ดอน จึงชื่อพระธาตุว่า พระบรมธาตุดอนเต้า และชื่อวัดว่า วัดพระธาตุดอนเต้า และต่อมาเมื่อมีการประดิษฐานพระแก้วดอนเต้า จึงเปลี่ยนชื่อเป็น วัดพระแก้วดอนเต้า

วัดพระแก้วดอนเต้า เป็นที่ตั้งของพระบรมธาตุดอนเต้า ซึ่งเป็นพระเจดีย์องค์ใหญ่ บรรจุพระเกศาธาตุของพระพุทธเจ้า มณฑปศิลปะพม่า ลักษณะงดงาม ประดิษฐานพระพุทธรูปองค์ใหญ่ และวิหารประดิษฐานพระพุทธไสยาสน์ ซึ่งมีอายุเก่าแก่ พอๆกับการสร้างวัดนี้ นอกจากนี้ยังมีวิหารหลวงพิพิธภัณฑสถานแห่งชาติล้านนา และวิหารพระเจ้าทองทิพย์

วัดพระแก้วดอนเต้า ได้รับประกาศขึ้นทะเบียนเป็นโบราณสถาน โดยกรมศิลปากร เมื่อวันที่ 8 มีนาคม พ.ศ. 2478 ในราชกิจจานุเบกษา เล่มที่ 52 ตอนที่ 75

ในปี พ.ศ. 2527 กระทรวงศึกษาธิการ โดย กรมการศาสนา ประกาศรวมวัดพระแก้วดอนเต้า และวัดสุชาดาราม เข้าเป็นวัดเดียวกัน ชื่อ วัดพระแก้วดอนเต้าสุชาดาราม เมื่อวันที่ 6 สิงหาคม พ.ศ. 2527